多數真菌（並非指菇類）按科學分類可分為以下主要幾類： (source from Wiki)   |  Home

·         子囊菌門：子囊孢子是這類真菌的有性生殖之孢子，因為這類真菌的孢子是在子囊中產生，所以稱為子囊孢子。日常生活中熟知的酵母菌、羊肚菌、冬蟲夏草及真菌與藻類共生的地衣…等等，都是這一類的真菌。

·         擔子菌門：這類真菌在子實層中會產生有性生殖之擔子柄及擔孢子，日常生活中所熟悉的食用真菌及藥用真菌多屬這一類，如香菇、木耳、靈芝、金針菇，而食用的筊白筍亦是擔子菌的菇黑穗菌感染菇草後，刺激菇草的莖基部澎大，變形成我們食用的筊白筍。另外與微管束植物形成共生關係的外生菌根菌亦是擔子菌的成員。

·         接合菌門：此一類的真菌的主要特徵是菌絲體不具隔板，無性生殖的分生孢子位於菌絲末端之孢子囊，有性生殖會產生接合孢子。常見的如麵包黴、水玉黴，會與植物產生共生關係的內生菌根菌都是這一類的真菌。

按形態分類則可分為5類：

·         褶菌類：有菌褶，如香菇。

·         非褶菌類：無菌褶，如靈芝。

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腹菌類：子實層包裹在蕈體內，如鬼筆。

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膠質菌類：擔子柄分隔，如木耳。

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子囊菌類：孢子生長在子囊內，如冬蟲夏草。

香港蕈菌一書並沒有收錄黏菌門, 只收錄真菌門
A.黏菌門
B.真菌門
B1.子囊菌亞門 (子囊菌綱)
B2.擔子菌亞門 (擔子菌綱)

·  黏菌類：如煤絨菌。